Tee omenapuulle hoitoleikkaus vuosittain kevättalvella. Hyvin leikatun omenapuun latvus ja oksisto ovat tasapainossa keskenään eikä oksisto ole liian tiheä. Liian tiheästi kasvavat oksat hankaavat toisiaan ja vaurioituvat helposti. Myös kasvitaudit saastuttavat tiheän kasvuston herkemmin.
Aloita satoikäisen omenapuun poistamalla vaurioituneet oksat. Sahaa tai leikkaa ne mahdollisimman läheltä tyveä niin, että jäljelle jää kuitenkin lyhyt oksankaulus. Nuorista puista voidaan typistää latvaa, jotta hedelmien poimiminen on helpompaa.